MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17202

Total Repeats: 81

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015967	T	13	13	44	56	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015967	CGT	2	6	116	121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
3	NC_015967	CTT	2	6	155	160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345301887
4	NC_015967	CGTCG	2	10	191	200	0 %	20 %	40 %	40 %	345301887
5	NC_015967	CTG	2	6	210	215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
6	NC_015967	CGT	2	6	266	271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
7	NC_015967	GATC	2	8	308	315	25 %	25 %	25 %	25 %	345301887
8	NC_015967	CTC	2	6	324	329	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345301887
9	NC_015967	GTC	2	6	423	428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
10	NC_015967	TCG	2	6	472	477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
11	NC_015967	CAC	3	9	480	488	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301887
12	NC_015967	CG	3	6	509	514	0 %	0 %	50 %	50 %	345301887
13	NC_015967	GGC	2	6	530	535	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
14	NC_015967	CGG	2	6	658	663	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
15	NC_015967	ACG	2	6	703	708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
16	NC_015967	GGT	2	6	714	719	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301887
17	NC_015967	AGC	2	6	727	732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
18	NC_015967	CGTG	2	8	804	811	0 %	25 %	50 %	25 %	345301887
19	NC_015967	GGC	2	6	830	835	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
20	NC_015967	GGC	5	15	849	863	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
21	NC_015967	CGG	2	6	901	906	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
22	NC_015967	CCA	2	6	918	923	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301887
23	NC_015967	TGC	2	6	959	964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
24	NC_015967	TGC	2	6	1012	1017	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
25	NC_015967	CGG	2	6	1030	1035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
26	NC_015967	TGCG	2	8	1063	1070	0 %	25 %	50 %	25 %	345301887
27	NC_015967	GCG	3	9	1108	1116	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
28	NC_015967	GCC	2	6	1117	1122	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
29	NC_015967	GGC	2	6	1134	1139	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
30	NC_015967	CTG	2	6	1161	1166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
31	NC_015967	CAG	2	6	1176	1181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
32	NC_015967	GGCT	2	8	1198	1205	0 %	25 %	50 %	25 %	345301887
33	NC_015967	ACG	2	6	1243	1248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
34	NC_015967	CAG	2	6	1266	1271	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
35	NC_015967	CTC	2	6	1338	1343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345301887
36	NC_015967	GAT	2	6	1359	1364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345301887
37	NC_015967	CTG	3	9	1398	1406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
38	NC_015967	AGC	2	6	1429	1434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
39	NC_015967	GTC	2	6	1435	1440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
40	NC_015967	CAC	2	6	1464	1469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301887
41	NC_015967	CGT	2	6	1486	1491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
42	NC_015967	GCT	2	6	1511	1516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
43	NC_015967	CTC	3	9	1602	1610	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345301887
44	NC_015967	GTG	2	6	1621	1626	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301887
45	NC_015967	ACG	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
46	NC_015967	GAG	2	6	1689	1694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301887
47	NC_015967	TGC	2	6	1747	1752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
48	NC_015967	GGC	2	6	1791	1796	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
49	NC_015967	GCC	2	6	1816	1821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
50	NC_015967	CAC	2	6	1837	1842	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301887
51	NC_015967	T	6	6	1944	1949	0 %	100 %	0 %	0 %	345301887
52	NC_015967	CGG	2	6	2018	2023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
53	NC_015967	CGG	2	6	2029	2034	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
54	NC_015967	GCA	2	6	2051	2056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301887
55	NC_015967	GCC	2	6	2129	2134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
56	NC_015967	GGTCG	2	10	2136	2145	0 %	20 %	60 %	20 %	345301887
57	NC_015967	CTG	2	6	2175	2180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
58	NC_015967	CCG	2	6	2181	2186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
59	NC_015967	CGCT	2	8	2197	2204	0 %	25 %	25 %	50 %	345301887
60	NC_015967	GCT	2	6	2279	2284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
61	NC_015967	GGC	2	6	2303	2308	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301887
62	NC_015967	G	6	6	2426	2431	0 %	0 %	100 %	0 %	345301887
63	NC_015967	GCC	2	6	2499	2504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
64	NC_015967	CAGC	2	8	2540	2547	25 %	0 %	25 %	50 %	345301887
65	NC_015967	GCGG	2	8	2585	2592	0 %	0 %	75 %	25 %	345301887
66	NC_015967	GCT	2	6	2594	2599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
67	NC_015967	CTGA	2	8	2613	2620	25 %	25 %	25 %	25 %	345301887
68	NC_015967	CA	3	6	2638	2643	50 %	0 %	0 %	50 %	345301887
69	NC_015967	GCC	2	6	2673	2678	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
70	NC_015967	TGG	2	6	2698	2703	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301887
71	NC_015967	AG	3	6	2781	2786	50 %	0 %	50 %	0 %	345301887
72	NC_015967	CGT	2	6	2816	2821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301887
73	NC_015967	GCC	2	6	2869	2874	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
74	NC_015967	CGC	2	6	2918	2923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301887
75	NC_015967	ATC	2	6	2926	2931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301887
76	NC_015967	TG	3	6	2949	2954	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015967	CTTG	2	8	2955	2962	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015967	CGGT	2	8	3002	3009	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015967	ACC	2	6	3018	3023	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_015967	GGAC	2	8	3029	3036	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015967	TGCT	2	8	3093	3100	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.